Coronavirus : Manaus, l'exemple de l'échec de l'immunité collective non vaccinale

Alors que 76% de la population de la ville a déjà été infectée, l’épidémie continue de faire des ravages dans la ville de Manaus, au Brésil. De quoi interroger sur la stratégie de l’immunité collective non vaccinale.

L’idée d’atteindre une immunité collective via les infections naturelles montre ses limites. L’exemple de Manaus, au Brésil, est le plus flagrant. Selon une étude publiée en septembre, 66% de la population de cette ville de plus de deux millions d’habitants a été atteinte par le Covid-19 en juin dernier.

Une autre étude, publiée le 8 décembre dans la revue scientifique Science estime ce chiffre à 76% de la population en octobre. De quoi, dans les deux cas, atteindre l’immunité collective, estimée à 60%, et permettre de stopper la diffusion incontrôlée de la maladie.

Les hôpitaux de Manaus débordés

Pourtant, la situation sanitaire est de nouveau alarmante sur place. L'État d'Amazonas, où se trouve Manaus, a annoncé ce jeudi 14 janvier l'instauration d'un couvre-feu de dix jours en raison de la saturation des hôpitaux débordés par l'afflux permanent de patients atteints du Covid-19. Certains hôpitaux de Manaus n’ont plus d’oxygène pour les patients.

VIDÉO : à Manaus, pénurie d’oxygène pour les patients atteints de Covid-19

Les voyageurs brésiliens sur lesquels le Japon a détecté un nouveau variant sont originaire de cet État d'Amazonas. Le taux élevé de contaminations au sein de la population de Manaus pourrait avoir joué un rôle dans l’apparition du variant.

Seuls les anticorps qui ciblent la protéine S bloquent le virus

“Lorsqu’on est infecté par le SARS-COV-2, notre système immunitaire va générer tout un répertoire d’anticorps très différents, qui sont dirigés contre les différentes protéines du Covid-19”, rappelle Eric Billy, chercheur en immuno-oncologie à Strasbourg.

L’Inserm rappelle que la protéine Spike (ou protéine S) est celle qui permet au Covid-19 de pénétrer dans les cellules humaines. Seuls les anticorps qui ciblent la protéine S sont neutralisants, c’est-à-dire qu’ils empêchent le virus d’entrer dans les cellules. Ils apparaissent jusqu'à 45 jours après l'infection.

“Les vaccins concentrent la production d’anticorps contre la protéine S”

“Contrairement à une infection par le virus, les vaccins vont permettre la production d’anticorps dirigés uniquement contre la protéine S. La diversité et l'abondance de ces anticorps est donc autant voire plus importante lorsqu’on est vacciné que lorsqu’on est immunisé après avoir été infecté”, ajoute le chercheur, membre du collectif Du Côté de la Science.

Une étude menée à Sienne (Italie) durant plusieurs mois et rapportée dans la revue Nature a consisté “à cultiver le SARS-CoV-2 en présence de faibles niveaux de sérum de convalescence d'une personne”, c’est-à-dire en présence d’un faible niveau d’anticorps. L’objectif de l’étude était de sélectionner des mutations du virus qui échappent aux différents anticorps que le système immunitaire a généré en réponse à l’infection.

Une étude montre l’apparition du variant au bout de plusieurs semaines

L’étude a permis d’observer que, en 90 jours, 3 mutations étaient apparues et rendaient les virus qui les portaient insensibles aux anticorps. Parmi ces mutations : E484K, que l’on retrouve dans les mutations détectées en Afrique du Sud et au Japon, chez des voyageurs revenant du Brésil.

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“À Manaus, comme partout ailleurs, il y a eu des infections avec des niveaux de sévérité différents, donc les malades ont eu une diversité et des niveaux d’anticorps différents. Chez un individu atteint du Covid et ayant une faible réponse immunitaire humorale (anticorps), le virus peut parvenir à s'adapter et sélectionner une mutation qui lui permet d'échapper aux anticorps présents”, simplifie Eric Billy. C’est ce que montre l'étude menée à Sienne. Ce phénomène s’appelle l'adaptation et l'échappement viral.

Une explication à la flambée des cas à Manaus ?

C'est ce qui pourrait expliquer la nouvelle flambée de cas à Manaus malgré l'immunité collective atteinte, avec 66% de la population infectée selon l’étude. "Dans une zone avec beaucoup de malades et des mesures barrières faibles, l'exposition au Covid-19 est élevée et prolongée. Ce qui peut augmenter les possibilités du virus de muter”, ajoute le chercheur en immuno-oncologie.

Une inquiétude partagée par le bioanalyste Samuel Mondy : "Plus il y a de cas, plus le risque qu'un mutant ayant un avantage apparaisse est élevé. Donc avec le nombre de cas enregistré à Manaus, et plus globalement dans toute région à forte circulation du virus, la probabilité pour le virus de muter y était plus élevé" nous explique l'ingénieur de recherche en bioinformatique.

Deux variants émergent dans des pays fortement touchés par le Covid-19

Le généticien Axel Kahn remarque que les variants qui sont jugés les plus préoccupants par les scientifiques et qui contiennent la mutation E484K ont été détectés en Afrique du Sud et au Brésil, deux pays fortement touchés par le Covid, où les mesures barrières sont moins suivies qu'en Europe.

La stratégie du Brésil en cause dans l’apparition du variant ?

L’Afrique du Sud est le pays d’Afrique le plus touché par la pandémie, avec 64 décès pour 100 000 habitants. Le Brésil, avec plus de 200 000 morts, enregistre près de 100 décès pour 100 000 habitants, selon les derniers chiffres disponibles au 14 janvier.

"Les variants qui inquiètent aujourd'hui sont apparus au Brésil et au Royaume-Uni. Deux pays qui ont décidé de laisser circuler le virus, au début de la pandémie, ce qui a pu permettre l'apparition de ces nouveaux variants en augmentant la circulation et donc le nombre des mutations" observe Samuel Mondy.

“Une immunité collective par une infection n’est pas possible sans coût humain élevé”

Le président brésilien Jair Bolsonaro, qui s’est longtemps affiché sans masque en public malgré la pandémie, avait notamment qualifié le Covid-19 de “petite grippe” durant plusieurs semaine, niant la gravité de la pandémie.

“Le cas de Manaus montre qu’espérer une immunité collective par une infection virale naturelle, avec ce coronavirus, n’est probablement pas possible sans un coût humain économique et social très élevé”, estime Eric Billy “et sans certitude que l’immunité collective naturelle empêche l’apparition de nouveau variants résistants, comme la mutation E484K”, ajoute le chercheur en immuno-oncologie.

“Le vaccin devrait diminuer l'émergence de variants à risque”

“Le vaccin, lui, devrait fortement réduire ce risque d'échappement viral, car il optimise la réponse immunitaire en générant un répertoire beaucoup plus large d’anticorps et ciblant seulement la protéine S. Cela devrait offrir une meilleure protection contre les variants, et diminuer l'émergence de variants à risque", conclut Eric Billy, chercheur en immuno-oncologie.

Des arguments qui renforcent l’urgence de la vaccination, débutée fin 2020, pour éviter l’apparition d’un variant qui rendrait inefficace le vaccin actuel. "Plus on vaccinera de monde, plus on réduira les risques d'apparition d'un nouveau variant", abonde Samuel Mondy.

Selon Pfizer, il faudrait six semaines pour modifier le vaccin en cas d’apparition d’un variant rendant inefficace le produit.

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